Sau năm 1975, toàn bộ Hồ sơ mật về Cụm tình báo chiến lược A.22 của Nha Tổng giám đốc Cảnh sát quốc gia được thu hồi nguyên vẹn. Thậm chí, vào ngày 30 tháng 4 năm 1975, một chỉ huy tình báo cao cấp và là chỉ huy trực tiếp của Vũ Ngọc Nhạ là Đại tá Nguyễn Đức Trí cũng có mặt tại dinh Độc Lập. Tuy nhiên, thân phận thực của Vũ Ngọc Nhạ vẫn chưa được xác nhận. Mãi đến năm 1976, ông mới được điều về làm chuyên viên Cục 2 với quân hàm Thượng tá. Năm 1981, ông được thăng Đại tá.Ông được giao các công tác nghiên cứu và tổng hợp các báo cáo để phúc trình cho các lãnh đạo cao cấp của nhà nước như Thủ tướng Phạm Văn Đồng, Mai Chí Thọ, Nguyễn Văn Linh.

Đến năm 1987, khi cuốn tiểu thuyết Ông cố vấn hồ sơ một điệp viên của Hữu Mai xuất bản, thân thế và sự nghiệp của ông mới được công chúng biết tới. Để tôn vinh sự nghiệp hoạt động của ông, năm 1988, Nhà nước Việt Nam phong hàm Thiếu tướng cho Vũ Ngọc Nhạ. Cụm tình báo chiến lược A.22 và Đại tá Lê Hữu Thúy được phong tặng danh hiệu Anh hùng lực lượng vũ trang. Một bộ phim phỏng theo tiểu thuyết "Ông cố vấn" cũng được sản xuất và đã có một số phóng sự về ông và cụm tình báo A.22 được công chiếu trước khi ông mất.

Ông được Nhà nước Việt Nam tặng thưởng:

• Huân chương Độc lập hạng ba,
• Huân chương Quân công hạng ba,
• Huân chương Chiến công giải phóng hạng nhì,
• 2 Huân chương Chiến công giải phóng hạng ba,
• Huân chương Chiến thắng hạng nhì,
• Huân chương Kháng chiến hạng nhất,
• 3 Huân chương Chiến sĩ giải phóng (hạng nhất, nhì, ba);
• 3 Huân chương Chiến sĩ vẻ vang (hạng nhất, nhì, ba);
• Huy chương Quân kỳ quyết thắng,
• Huy hiệu 50 năm tuổi Đảng.

Tuy nhiên, cho đến lúc mất, ông vẫn không được nhận danh hiệu Anh hùng lực lượng vũ trang mà chính nhà văn Hữu Mai nhận định rằng chính ông rất xứng đáng được nhận.

Ông còn được Tòa thánh Vatican và Giáo hoàng Phaolô VI tặng bằng khen và Huy chương "Vì hòa bình" vào tháng 6 năm 1971.

Ông qua đời lúc 6 giờ 7 phút ngày 7 tháng 8 năm 2002 tại TP Hồ Chí Minh, hưởng thọ 75 tuổi. Phần mộ của ông nay được đặt tại nghĩa trang Lạc Cảnh, Thành phố Hồ Chí Minh, trong khu vực dành riêng cho các tướng lĩnh, gần mộ phần của 2 điệp viên nổi tiếng khác là Phạm Xuân Ẩn và Đặng Trần Đức. Mộ phần của Đại tá Phạm Ngọc Thảo cũng cách đó không xa.